Axel Stöcker wurde 1959 in Wuppertal geboren. Nach dem Abitur 1978 begann er an der Bergischen Universität Wuppertal mit dem Studium der Germanistik, Anglistik und Allgemeine Literaturwissenschaften, das er 1984 mit einer Magister-Arbeit über den Schriftsteller Bruno Frank beendete.
Schon während des Studiums arbeitete er als Hospitant und Regieassistent an den Wuppertaler Bühnen. Nach seinem Zivildienst ging er 1985 als Regieassistent an das Schauspiel Frankfurt, an dem er 1989 und 1990 auch seine ersten eigenen Inszenierungen realisierte.
Von 1991 bis 1993 war er als fester Hausregisseur am Volkstheater Rostock engagiert. Anschließend hat er als freier Regisseur gearbeitet und an zahlreichen Theatern in Deutschland und Österreich inzwischen mehr als achtzig Inszenierungen herausgebracht.
Neben seiner Regietätigkeit veröffentlichte er 1994 einen großen Comicband im Semmel-Verlach in Kiel und schrieb viele Theaterstücke, zuletzt für die Sommerbühne des Gerhart-Hauptmann-Theater in Zittau.
Von 2007 bis 2009 absolvierte er eine zusätzliche Ausbildung zum Systemischen Coach.